I přes zdánlivě vysoký počet chráněných území nelze jejich síť v České republice považovat za kompletní. Stále existují velmi cenná místa, která doposud nepožívají zvláštní ochrany, ačkoliv je velmi potřebná – ať už z hlediska národních hodnot/legislativy, nebo podle mezinárodních závazků. AOPK ČR se proto nezabývá pouze péčí o stávající zvláště chráněná území, ale soustavně se věnuje také přípravě nových zvláště chráněných území. Příprava a jejich vyhlašování, zejména chráněných krajinných oblastí, představuje složitý proces, vyžadující mnohdy i víceleté nasazení mnoha odborníků z řady institucí.

Velkoplošná zvláště chráněná území připravovaná k vyhlášení

V koncepčních materiálech ochrany přírody a krajiny jsou zmiňována některá další území vhodná pro vyhlášení CHKO – například Doupovské hory, Krušné hory nebo Středomoravské Karpaty (Chřiby a Ždánický les). V případě Doupovských hor byly podklady pro vyhlášení CHKO zpracovávány již v roce 2009, ale vzhledem ke specifické situaci (většina území je součástí vojenského újezdu) nebylo území vyhlášeno. 

Aktuálně se projednává vyhlášení národního parku Křivoklátsko a chráněné krajinné oblasti Krušné hory.
NP Křivoklátsko
CHKO Krušné hory

Pro ostatní území se konkrétní podklady dosud nepřipravovaly.

Maloplošná zvláště chráněná území národních kategorií připravovaná k vyhlášení

Ministerstvo životního prostředí současně připravuje vyhlášení několika národních přírodních rezervací a národních přírodních památek. Vyhlašovací dokumentaci a odborné návrhy těchto lokalit zpracovala AOPK ČR. V současnosti probíhá vyhlašovací proces u následujících lokalit, které dosud nebyly pokryty zvláštní územní ochranou, nebo jen z velmi malé části.

Navržená kategorie a název Stručný popis maloplošného zvláště chráněného území
NPP Zvoníčkov Lokalita Zvoníčkov (nazvaná po stejnojmenné zaniklé vesnici, jejíž obyvatelé se nemalou měrou zasloužili o ráz zdejší krajiny) představuje reprezentativní soubor rostlinných a živočišných společenstev na čedičovém podkladě, který je charakteristický pro bioregion Doupovských hor. Díky rozsáhlosti území ho lze na základě výskytu odlišných fenoménů rozdělit na dvě poloviny. V západní části území nalezneme převážně tzv. chladné stepi tvořené teplomilnými širokolistými trávníky s hojným výskytem koniklece otevřeného, lesní porosty jsou v této části zastoupeny především teplomilnými doubravami a dubohabřinami. Pro východní část území je charakteristická striktně teplomilná vegetace se zastoupením suchých trávníků a suchých keřových lemů s výskytem koniklece lučního českého a nejbohatší populací třemdavy bílé v Doupovských horách. Vyskytuje se zde i bohatá entomofauna s významným výskytem bourovce pryšcového.
NPP Bražecké hliňáky Jde o jedinečný komplex zachovalých přírodních stanovišť čítající vodní plochy, mokřady, louky, křoviny a lesní porosty. Na velmi malé ploše jsou soustředěny a vzájemně provázány přírodovědné hodnoty vodních, mokřadních a lučních biotopů. Vyskytuje se zde celá řada zvláště chráněných druhů rostlin (např. bahnička chudokvětá, hořec hořepník, rdest alpský) a živočichů (např. kuňka obecná, čolek velký, jeřáb popelavý) v čele s unikátní populací hnědáska chrastavcového, který se vyskytuje v České republice již jen v Karlovarském kraji. V navrhované NPP vytváří jednu z nejsilnějších populací v České republice.
NPP Tok Území je navrhované k vyhlášení zejména kvůli ochraně člověkem podmíněného bezlesí – rozsáhlým podhorským vřesovištím v mozaice s rašeliništi o rozloze cca 200 ha. Samotná vřesoviště zaujímají přes 150 ha. Na tyto biotopy je vázáno množství ohrožených a zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů. Na vřesovištích jde hlavně o pavouky, brouky, blanokřídlý hmyz a motýly a na přechodových rašeliništích a otevřených vrchovištích o obrovské populace rosnatky okrouhlolisté. Mezi další biotopy zahrnuté mezi předměty ochrany navrhované NPP patří rašelinné a podmáčené smrčiny a štěrbinová vegetace silikátových skal a drolin. Významný je rovněž výskyt geomorfologických a paleontologických jevů. Nejvýznamnějším z nich je vložka paseckých břidlic obsahujících nejstarší dosud zjištěnou fosilní makrofaunu v České republice. Dále pak silikátové sutě a skalnaté výchozy slepenců s typickými geomorfologickými důsledky mrazového zvětrávání v minulosti.
NPP Jordán Mozaika otevřených vřesovišť, rašelinišť a vrchovišť na minerálně chudém, kyselém podkladu, střídanou podmáčenými lesy přirozeného charakteru, převážně březinami, vzniklými samovolně z náletu. Tyto ekosystémy jsou zejména svou rozlohou a horským charakterem v České republice jedinečné a hostí řadu na ně vázaných ohrožených a zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů. Sousedství vřesovišť v navrhované NPP Jordán a souběžně navrhované NPP Tok umožňuje komunikaci populací ochranářsky významných druhů těchto ekosystémů, a tím i jejich lepší přežívání.
NPP Bzenecká střelnice Významná psamofilní společenstva na otevřených píscích na severním okraji Panonské nížiny: otevřené trávníky vátých písků s paličkovcem šedavým a jednoletá vegetace narušovaných štěrkovitých a písčitých půd s teplomilnými druhy rostlin a živočichů, zejména unikátním společenstvem psamofilních bezobratlých.
NPP Trkmanské louky Subhalofilní rostlinná společenstva s populacemi některých zvláště chráněných a ohrožených druhů rostlin a živočichů včetně populace kriticky ohroženého pcháče žlutoostenného.
NPP Zlatý potok Jedna z několika málo zbývajících perspektivních lokalit perlorodky říční ve střední Evropě. Pramenná oblast s mokřinami a prameništní vegetací s rozsáhlou sítí mělkých pramenných stružek, dílčích přítoků a hlavního toku Zlatého potoka s přírodními živočišnými a rostlinnými společenstvy oligotrofních povodí, která podmiňují fungování biotopu a další existenci populace perlorodky říční.

Aktuálně jsou z důvodu zvětšení rozlohy, úpravy bližších ochranných podmínek nebo změny kategorie přehlašována tato území: 

  • NPR Žofínský prales
  • NPP Odkryv v Kravařích